Kit sinh ra ở Acton, Luân Đôn,[6] mẹ anh là Deborah Jane (Catesby), một cựu nhà viết kịch và cha là Ngài David Richard Harington, nam tước thứ 15, và là một doanh nhân.[7][8] Mẹ anh đặt tên anh theo tên nhà thơ Christopher Marlowe, người mà có tên riêng rút gọn là Kit.[9] Chú của Kit là Ngài Nicholas John Harington,[10] nam tước thứ 14,[11] và ông cố của anh là Ngài Richard Harington, nam tước thứ 12. Thông qua bà nội của anh, Lavender Cecilia Denny, Kit là cháu cố tám đời của Charles II của Anh.[12] Ngoài ra, thông qua cha mình, Kit là hậu duệ của chính trị gia người Scotland, bá tước đầu tiên của Melville, Henry Dundas.[13]

Kit theo học tại trường tiểu học Southfield từ năm 1992 đến năm 1998. Khi anh 11 tuổi, gia đình anh chuyển đến Worcestershire[14][15] và anh theo học tại trường trung học Chantry ở Martley tới năm 2003.[16] Anh bắt đầu quan tâm đến diễn xuất sau khi xem quá trình sản xuất của vở kịch Waiting for Godot năm 14 tuổi, và anh cũng biểu diễn trong một số tác phẩm của trường.[16] Năm 2003, Kit theo học tại trường đại học Worcester Sixth Form, nơi anh bắt đầu học về Kịch và Nhà hát. Khi lên 17 tuổi, Kit đã được truyền cảm hứng để tham gia vào vở kịch của trường sau khi xem màn biểu diễn của Ben Whishaw trong vai Hamlet vào năm 2014.[14][17] Kit chuyển về Luân Đôn năm 18 tuổi, một năm sau đó, anh theo học tại Trường trung tâm của Nghệ thuật Phát biểu và Kịch nghệ, và tốt nghiệp năm 2008.[18][19]